К сожалению, в Питоне не очень удобно сделано подключение самописных модулей.
Сделано через одно место. Питон сосет сырцы только из корневой папки. Чтобы мог подсасывать модули из вложенных, делается так (для винды).
import sys sys.path.append(sys.path[0]+'/folder/') #теперь можно подключить mymodule.py из folder.
Чтобы избежать этого костыля нужно свой написанный модуль упаковать с помощью setuptools и установить в виртуальное окружение с помощью pip.
Хороший мануал как это сделать:
How to write a Python module/package? - Stack Overflow STACKOVERFLOW.COM
Выяснилось что не только из корневой папки app ------api ------init.py ------apix.py ------app.py
В app.py: from app.api import apix